这种学说又被叫作“顺逆三关”。《性命圭旨·元集》说：“初关炼精化气者，要识天癸生时，急急采之。采时须以徘徊之意；引火逼金，所谓‘火逼金行颠倒转，自然鼎内大丹凝’。中关炼气化神者，乘此火力炽盛，驾动河车，自太玄关逆流至天谷穴，气与神合，然后下降黄房，所谓‘乾坤交媾罢，一点落黄庭’。上关炼神还虚者，守一抱元，以神归于毗卢性海。”三关运炼，自有为入无为。亦可径做上关。直接炼神还虚，以顿法了结渐法。
    宋元以来的内丹家还用另一套无极太极、阴阳五行、万物化生的宇宙论解释内炼原理。这一宇宙论是由北宋著名道教理论家陈抟所创。陈抟传《无极图》于世，“其图自下而上，以明逆则成丹之法”，为内炼丹家誉为长生之秘诀。几经展转，传至周敦颐手中，“周子得此图，而颠倒其序，更易其名，附于大易，以为儒者之秘传。益方士之识，在逆而成丹，故从下而上；周子之意。以顺而生人，故从上而下。”(明黄宗炎《太极图辨》，《宋元学案》卷12)
    由于周敦颐的《太极图说》（见右图）阐述此论最为明了，故宋元内丹家的著述中大多皆直接采用周敦颐的《太极图》和朱熹的解说。根据无极太极化生万物的顺序，内丹家谓由阳静阴动，逆炼归元，使五行颠倒、阴阳混合，复返于混沌未分之无极太极，便可成仙结丹。
    元李道纯《中和集》卷3《问答语录》说：“天地即乾坤也，乾坤即阴阳也，阴阳一太极也，太极本无极也。以太极言之，则曰天地；以易言之，则曰乾坤；以道言之，则曰阴阳；若以人身言之，天地形体也，乾坤性情也，阴阳神气也；以法象言之，天龙地虎也，乾马坤牛也，阳乌阴兔也；以金丹言之，天鼎地炉也，乾金坤土也，阴汞阳铅也。散而言之，种种异名；合而言之，一阴一阳也。修仙之人炼铅汞而成丹者，即身心合而还其本初。阴阳合而复归太极也。”在《性命圭旨·元集》中有“日乌月兔图”，即形象地表现了这种观点。
    儒家与道教的宇宙论，本来同出一源，故一拍即合。从丹经之祖东汉魏伯阳的《周易参同契》起，道教内丹家就以易理及老子之说阐释丹法，尤多用周易卦象说明炼丹之理及运炼过程。宋元内丹派的兴起，更加援儒入道，多借理学论述丹法。
    以上论述，我们从四个方面概括了道教气功养生学的基本理论。在这些基本的思想上，道教中人推衍出许多的观点、学说，从各个角度丰富了道教的内炼理论。