张伯端以禅宗顿悟圆通释内丹还虚之境，白玉蟾则深究禅学，融会于内丹理论之中，谓“至道在心，即心是道，六根内外，一般风光”。纯以禅理入道为其特色。在南宗活动方面，他除建庵立坛外，还取汉天师“二十四治”法，按“师家曰治，民家曰靖”传统，立“靖”为建宗传法之所。彭耜曾语其徒林伯谦曰：“尔祖师（白玉蟾）所治碧芝靖、予今所治鹤林靖、尔今所治紫光靖，大凡奉法之士，其所以立香火之地，不可不奏请靖额也。”可见南宗初建时，其传人都曾立“靖”，以为香火之地，作内月修炼、行诸法术、传道讲授之用。

南宗一派奉张伯端《悟真篇》为祖经，并以之为该宗内丹修炼的理论基础。该书继承钟、吕内丹思想，在“三教合一”思想影响下，以道禅结合、摄禅释性、先命后性独树一家之学，修炼则从传统命功着手。行功之前，先须“筑基炼己”为入手功夫。即对人体已亏损的精、气、神进行修复，待精满、气足，神全之后，才进入正式炼丹阶段。
白玉蟾继承张伯端丹法思想，在内丹传统宇宙生成论基础上，糅合道禅之学，在“神为主；精气是客”，“丹者、心也；心者、神也”的前提下，强调心性修炼。深信修炼金液大还丹，可以，主宰死生。

南宗从陈楠起，兼行神霄雷法（又称五雷大法）。白玉蟾承其师业并授其弟子。他还寓内丹于雷法之中，使南宗修持具有“内炼成丹、外用成法”的特点，谓修炼中气机发动，阴阳交媾时，意念与自然界风雨雷电相契合，便有面赤、耳热、汗出、眼黑等生理效应，顷刻之际，代天行法之功便成。

南宗一派禀承《悟真篇》“混俗和光”、“大隐居廛”的思想，也主张“大隐混俗”，不提倡出家。陈楠“招邀徒弟走市廛，醉酒饱肉成群火。”夏宗禹在《悟真篇讲义》中称：“有志之士若能精勤修炼，初无贵贱之别，在朝不妨为治国平天下之事，在市不失为士农工商之业。”而白玉蟾也是“时又蓬头赤足以入廛市，时又青巾野服以游宫观”的云游道士。他曾指出：“吾所以混俗和光者，不欲自异耳。鱼欲异群鱼，舍水跃岸则死；虎欲异群虎，舍山入市则擒。”由于南宗多居家道士，无意仕途，故始终未得朝廷扶持。入元以后，全真道南下，南宗与全真道接触中，逐渐产生与之合并的要求，在陈致虚等人的推动下，在元代中后期实现了两北二宗的合并，从此金丹派南宗即成为全真道的南宗。

金丹派南宗作为一个独立的炼养道派的时间并不长，但影响较大。首先，它的内丹理论对全真道有较大影响，使全真道的内丹理论，在吸收南宗内丹成就后更加充实和完善；其次，促进了符箓派的改革，将内丹修炼引入斋醮活动中，一改旧符箓派只行符设法的传统。新出现的神霄、清微、净明等道派，也都以“内炼成丹，外用成法”为其宗旨；第三，南宗人留下了大批内丹专著，是我国优秀文化的组成部分，对气功学、医学，以及人体科学的发展有一定的贡献。