据介绍，泉州元妙观主要的宗教活动包括：拜文昌帝君、除夕夜迎财神、拜太岁、认点“天公灯”等。
拜文昌帝君
道教根据天地人互相感应的原理，认定文昌帝君（文曲星）为主管人世间文运、官运之神。元妙观文昌殿历史悠久，史上是闽南文人、学士祈求聪明智慧、考试升学、功名成就的宗教活动中心，奉祀不衰。古历二月初三是文昌帝君圣诞，八月初一乃魁星爷圣诞，许多信众都到元妙观朝拜。而元妙观每年二月初三起，每逢星期六、日上午9时（初一、十五除外）均有举行拜文昌求功名道场。
除夕夜迎财神
每年除夕晚12时（正月初一子时），元妙观都会启建道教迎神科仪，为信众迎接新年财神、喜神，以佑新年大吉。届时将迎请财神，与各位善男信女结缘，为善男信女们添福、添财、添吉祥。
到元妙观，信众还有“赚大钱”和走“平安门”的习俗。所谓“赚大钱”，是指在观中有一个刻有“招财进宝”四个大字的巨型钱币，信众会到观中敬神祈祷，并逐一从大“铜钱”的“钱眼”里钻过，以此来祈求神明护佑，财源广进。而过“平安门”，则是信众烧了香从殿里走出，都要从这道门穿过，祈求安康。
拜太岁
元妙观元辰殿“拜太岁”古来有之。元妙观复建后，启建了道教传统“拜太岁”道场，“拜太岁”成为该观的一项重要宗教活动。
据介绍，太岁神是年岁之神。按干支纪年的方法，每六十年一个循环，因此，太岁神有六十位。太岁每年轮一位值年，称为“值年太岁”或“大将军”，如今年癸巳年由徐单大将军值年；每个人出生当年的值年太岁称为本命元辰，如2013年出生的人，本命元辰就是癸巳徐单大将军，本命元辰一生不变。道教经籍认为，所谓“犯太岁”，就是按五行相生相克原理，本命元辰与值年太岁相冲、相刑、相克等；而所谓“本命年”，指的是个人出生时的生肖，恰好与当年值年太岁地支相同就被称作本命年，如生肖属蛇的与今年值年太岁地支巳（蛇）相同。道教经籍中说，太岁神主管人的“本生身命之灾”和“流年临犯之厄”。拜太岁就是为了化解本命元辰与值年太岁的相冲、相刑、相克、本命年等不利因素，祈求太岁神护佑自身身健康平安和流年的大吉大利。元妙观从正月十一日开始，每天上午（初一、十五除外）举行“拜太岁消灾植福道场”，为广大信众“补运”，祈求值年太岁大将军保佑，身体健康，吉祥如意，年头年尾顺顺利利！
认点“天公”灯
灯仪是道教斋蘸活动的一种常用科仪，以灯作为主要法器。闽台民间习俗，人们往往在自己家中厅堂挂有一盏“天公”灯，上书一个“心”字大字，并写有“一心诚敬”字样，以示对“天公”的崇敬和祈福消灾愿望。而元妙观也长年备有“天公”灯、光明灯、本命灯等，供道教信众认点。逢年过节时，元妙观内挂满“天公”灯，成为市区一景。
