依照《社会团体登记管理条例》规定，社会团体分别由各级人民政府民政部门和相应的业务主管单位进行监督管理。宗教团体作为一个类别的社会团体，由各级人民政府民政部门负责登记管理，各级人民政府宗教事务部门对宗教团体进行日常管理。
分级管理并不表示宗教团体也有行政级别，只表示宗教团体的活动地域和组成人员的来源不同。无论宗教团体是在哪一级民政部门登记的，无论其业务主管单位是哪一级政府宗教事务部门，也无论其成员多少、规模大小，宗教团体的地位都是平等的，都是平等的民事主体，相互之间无隶属关系，无领导与被领导的关系。
当然，宗教团体也有其特殊性，在同一宗教中，全国性宗教团体与地方性宗教团体之间具有一定的教务指导关系。全国性宗教团体制定的教务方面的规章制度，同一宗教的地方性宗教团体、宗教活动场所和宗教教职人员应当遵守和履行。
关于宗教团体与宗教活动场所之间的关系问题。就社会组织的性质来说，宗教团体与宗教活动场所都属民间非营利组织，都是独立的民事主体，在法律上的地位是平等的，它们之间无隶属关系，没有领导被领导的关系。同时，由于宗教团体是由本宗教信教公民自愿组成的社会组织，代表宗教活动场所、宗教教职人员和信教群众的合法权益，是党和政府联系宗教教职人员和信教群众的桥梁和纽带，因而它对本宗教的教务活动（包括宗教活动场所的教务活动）具有一定的指导、协调责任。《宗教事务条例》规定，宗教活动场所的设立必须由宗教团体提出申请，并负责筹建；寺观教堂如需要修建大型露天宗教造像，要由省、自治区、直辖市宗教团体提出申请；宗教教职人员要经宗教团体认定；宗教教职人员担任或离任宗教活动场所主要教职要经宗教团体同意等。另外，《中华人民共和国境内外国人宗教活动管理规定》中对宗教团体与宗教活动场所的关系也有相关规定。如经省、自治区、直辖市以上宗教团体的邀请，外国人可以在中国宗教活动场所讲经、讲道等。
