苗族最基本的信仰是原始宗教，但在历史上深受道教思想的影响，20世纪初部分地区又改信基督教。因此，海南苗族的宗教信仰较为复杂。
1.原始宗教观念
海南苗族的神灵观念基本属于原始宗教，主要有祖先崇拜、自然崇拜和精灵崇拜等。
祖先崇拜主要是对盘王（皇）、祖先鬼、社主大皇等的崇拜。盘王是他们最大的祖先公神。苗族每家每户都设有祖先灵位供奉。每个村都有一个社主大皇的庙，拜祭祈求祖先保佑全村平安。
自然崇拜主要是对山鬼、水鬼一类的崇拜。
精灵崇拜主要是对海龙皇，帝母鬼、土地公、灶公、斗府三官、三界祖爷、神农皇帝、雷府等的崇拜。这些都是在祭祀作法时要祭拜或念咒的鬼神。
2.基督教对苗族的影响
基督教于1915年开始传入苗族地区，主要是在五指山麓万泉河上游的琼中南茂一带苗族聚居的山区。在苗族首领陈日光的带动下，南茂、中平等30多个苗村、300多户苗民都抛弃了原来信奉的神牌和香炉，也不再请道公上门，成年人都洗礼信仰基督教，南茂成为苗族信基督教的中心。
3.卜卦
海南的苗族在占卜方面，最重要、最普遍的就是鸡卜。苗族在上山生产、狩猎之前进行一种具有宗教色彩的预兆仪式——鸡卜，这是祖宗世代流传下来特有的传统习俗。鸡卜应用的范围主要是狩猎、砍山栏，其次是祈求平安。患病时和远行前都要进行这种占卜。鸡卜分为全村集体进行和家庭内部进行两种形式。鸡卜不是每个人都会作，若不会，须请道公来作法。一般做鸡卜要有3只以上的小公鸡，杀鸡取出鸡的两支大腿骨，然后看鸡骨及上面的小孔来预测吉凶。
