道教历史上的一些宗派，如正一、上清、灵宝、神霄、清微、太一、真大道、全真等等，大多出于该派教徒自称，且其名称有明确的道教义理内涵。至于“南宗”，则并非出于该派教徒自称，且是以地理方位作标识，与其他派别之得名迥异。
“南宗”是指张伯端、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾一系以内丹授受而形成的教派。其形成教团规模是在白玉蟾（1194？-1229？）时期，当时南宋与金朝南北对峙。由于其与金朝王重阳（）创立的全真道都将丹法传承上溯至钟离权、吕洞宾，故被分别称为内丹传承的南宗（南派）和北宗（北派）。（张伯端等人往往借早期外丹术语“金丹”称呼内丹，故内丹派也被称为金丹派。）由于入元以后，南北统一，而全真道受到元代统治者的尊崇，故在南方的白玉蟾一系传人，纷纷归并到全真道门下，而全真道也接纳了他们，将他们的祖师张伯端等5人称为“南五祖”，与丘处机等“北七真”并列。
当代学者的研究表明，道教“南宗”名称出现于元末明初。宋濂（1310-1381）在《跋长春子手帖》中说：“盖自东华少阳君得老聃之道，以授汉钟离权，权授唐进士吕岩、辽进士刘操。操授宋之张伯端，伯端授石泰，泰授薛道光，道光授陈楠，楠授白玉蟾，玉蟾授彭耜，此则世所号南宗者也。岩授金之王嚞，嚞授七弟子，其一即公（指长春子丘处机）。余曰谭处端，曰刘处玄，曰〔王〕处一，曰郝太一（疑为‘古’之误），曰马钰，及钰妻孙不二，此则世所号北宗者也。” 这则手帖，学者多有引用。宋濂《送许从善还闽序》也说：“宋金以来，说者滋炽，南北分为二宗，南同天台张用成，其学先命而后性；北则咸阳王中孚，其学先性而后命。”宋濂同时代人王祎在其《青岩丛录》中也指出：“今也炼养服食其术具传，而全真之教兼而用之。全真之名昉于金世，有南北二宗之分。南宗先性，北宗先命。” 明万历年间胡应麟(1551-1602)《玉壶遐览》引王祎之说，并评论道：“按《丛录》以全真之教昉于金世，有南北二宗之分，似未详考。盖南北二宗之分实自宋南渡后，而皆始于吕岩。” 在胡应麟之前，邱浚（1421—1495）《三仙传道图》诗也谈到道教南北宗的传承：“老聃后裔东华君，妙道不肯轻示人。非因胡僧爱饶舌，云房(钟离权)安得来相亲。一见之间即深契，依稀记得前生事。铁衣脱却着羽衣，五体勒拳便投地。开成进士吕绍先(吕洞宾)，虑后远及五百年。君门不候龙虎榜，仙家却结铅汞缘。父祖子孙传一道，自得由来在深造。……一传肩吾施，再传海蟾刘。海蟾以后分南北，两宗若不相为谋。南宗始紫阳，正传海琼白。北宗始重阳，七传长春丘。”
明清时期，道教南宗、北宗之名，似已得到普遍接受。如明王世贞（1526～1590）《答云仙老人》说：“南宗白虎玄气，注诂多自矛盾。而近所传《金丹四百字》亦似止以身中觅鹄，与北宗合。” 清康熙己酉年（1669），朱元育撰《参同契阐幽序》，自称“北宗龙门派下弟子”，自述“髫年慕道，最初拜北宗张碧虚师指示玄关……丁酉岁（1657）挈门下潘子静观习静华阳（即茅山），兼览《道藏》。” 潘静观为《丘祖语录》所撰后序中说：“《清净》、《阴符》、《道德》、《参同》诸经，并南北二宗诸书，业已次第行世。” 康熙年间降笔的《太乙金华宗旨》说：“古来仙真，心心相印，传一得一。自太上化现，递传东华以及南北二宗。” 清雍正年间官修《山西通志》，在《仙释志》中，也附有道教南宗、北宗传承谱系。
注：
1、《宋景濂未刻集》卷下，《四库全书》本。
2、《王忠文集》卷二十，《四库全书》本。
3、《少室山房笔丛》卷二十六，《四库全书》本。。
4、《弇州续稿》卷一百七十二。
5、《重刊道藏辑要》虚集一。
6、《藏外道书》第11册，页289—290。按：此序署“皇明永乐十三年龙门弟子潘静观拜序”。“皇明永乐十三年”显然有误，很可能是后来的编者为了表明《丘祖语录》流传已久而妄改的。
7、邵志琳编《吕祖全书》卷四十九。
8、《山西通志》卷一百六十。
