《邱祖垂训文》是邱祖训导门人的话。文中指出，能够皈依玄门是难得的机缘，应当好好把握，遵守玄门的法度，根据个人的缘法深浅按照三乘之法修行；倘若作奸犯科，必然受到神灵的追责。经文旨在整顿道教教风、维护道教信仰的神圣性与淳正性，在当世和现代社会都有深刻的现实意义，也是对广大慕道、修道之人的勉励和警训。